Pada awal berdirinya SMK Negeri 3 Buduran atau sebelumnya bernama STM Perkapalan Sidoarjo, mempunyai 7 Program Keahlian yaitu :
- TEKNIK KONSTRUKSI KAPAL BAJA
- TEKNIK PENGELASAN KAPAL
- TEKNIK INSTALASI PERMESINAN KAPAL
- KELISTRIKAN KAPAL
- GAMBAR RANCANG BANGUN KAPAL
- INTERIOR KAPAL
- BANGUNAN KAPAL NON BAJA
Kemudian karena pasar untuk program Bangunan Kapal Non Baja kurang laku maka program tersebut ditutup. Untuk meperluas permintaan masyarakat pada program keahlian tertentu maka SMK Negeri 3 Buduran membuka 4 Program Keahlian baru yaitu :
- TEKNIK PENDINGIN DAN TATA UDARA
- TEKNIK KENDARAAN RINGAN
- TEKNIK PEMESINAN
- TEKNIK KOMPUTER DAN JARINGAN
Sumber: http://www.smknperkapalan.net/html/profil.php?id=profil&kode=12&profil=Sejarah%20Singkat